Store deler av Masfjorden er eit sundskore fjellplatå. Platået skrånar frå nesten 1000 m høgd i aust til 300-500 m i områda ovanfor Masfjordnes. Dei opphavlege fjellviddene er delte opp av sjølve Masfjorden og store og små dalar. Oppdelinga følgjer sprekkeretninga i gneisane. Mange av dei mindre dalane endar brått i dalbotnar inn mot fjellheimen, slik som Hopsdalen, Øvredalen, Andvikedalen og dalane langs Austfjorden. Dei største dalane har fleire trinn opp mot fjellområda, som Haugsdalen, eller eitt stort trinn, som til dømes ved Fossen i Matredalen, på vegen mot Stordalen.
Fram til 1870-talet var Sandnes sokn – som seinare vart kalla Masfjorden sokn – ein del av Lindås kommune, Lindås prestegjeld og lensmannsdistrikt. Så fekk Masfjorden eigen sokne-prest i 1876 og vart eigen kommune i 1879, med eigen lensmann året etter. Ved den store kommunereguleringa i 1964 vart dei tre gardane Einestrand, Eikebotn og Kikall overførte frå Lindås.
I mellomalderen høyrde mesteparten av Masfjorden til Gulen skipreide. Denne var då ein del av Hordafylket; det gamle Gulatinget låg såleis innanfor fylkesgrensa på 900-talet. Framleis låg størstedelen av Masfjorden under Gulen skipreide på 1600-talet, medan Austefjordgardane høyrde til Eikanger skipreide. Desse gardane vart overførte til Lindås skipreide i 1853, og i 1879 vart altså Masfjorden skilt ut frå Gulen skipreide som eigen kommune i 1879.
Masfjordbygdene har gode skogvidder, og det har vore skipa mykje ved og bygningstømmer utover til kystbygdene. Det var vanleg å skaffa seg ei tømmer frå Masfjorden til ei stove i byte mot fisk. Jørgen Garnaas sin sjarmerande vedberar frå 1700-talet uttrykkjer derfor eit viktig næringssamband mellom fjordbygdene og kystbygdene i tidlegare hundreår.
Fjellgrunn og grusmassar
Gneis er det vidfemnande omgrepet for dei sure og kvartsrike bergartane som dominerer fjellgrunnen i Masfjorden; her finst granittgneis, augegneis og migmatittgneis. I urtida vart migmatittgneis danna ved så høg varme at berget tok til å smelta. Under den kaledonske fjellkjedefaldinga var temperaturen også høg - då vart Masfjordfjellet drege djupare ned i jordskorpa enn noko annan del av grunnfjellet i Hordaland. Djupdykket viser att i høgtrykksbergarten eklogitt, som er å finna på Øksnefjellet like over grensa til Gulen.
Det meste av lausmassane i kommunen er konsentrerte til nokre få stader: Ved Andvik ligg store moreneavsetjingar oppetter dalsidene. Også i Matre og på Masfjordnes, eller Sandnes som staden også vert kalla, la breen att mykje grus og sand. Dei harde og sure bergartane og dei sparsame lausmassane gjev magre kår for jordbruket. Til gjengjeld byr fjellheimens store regnfang på gode vilkår for vasskraftutbygging, Masfjorden er ein av Hordalands største kraftprodusentar. Nedbørsstasjonen på Haukeland har jamvel noregsrekord i disiplinen “siste 30 døgn”, med 1320 mm målt nedbør i perioden frå 9.1 til 7.2. 1989. Dette er meir enn gjennomsnittleg nedbør for eit heilt år på Fedje. Dei 5 nedbørstasjonane i kommunen har årlege middelnedbørmengder som varierer frå 2234 mm på Frøyset til 3537 mm på Haukeland. Dei høge fjella tvingar luftstraumane frå vest opp frå fjordbotnane. Dermed blir lufta så mykje avkjølt at ho ikkje lenger kan halda på væta.
Vasskraftutbygginga tok til i 1950-åra, og mange vatn i fjella er regulerte. Det er jamvel planar om ny utbygging som kan gjera ende på villmarka i Masfjorden. For at eit naturlandskap skal kunna kallast villmark, må det vera minst 5 kilometer til næraste veg, jarnbane, faste busetjing – eller vasskraftinngrep. Fjonfjella vil missa villmarkstatusen dersom det blir gjort alvor av planane om å regulera alle småelvane som renn ut i Haugsdalselva og Matreelva. Desse to elvane forsyner frå før 4 kraftstasjonar, som til saman produserer om lag 1350 GWh i året.
Heim for ørner og mosar
I 1999 måtte arbeidet med å reisa ei ny telemast i Masfjorden stoppast. Like ved staden der masta skulle stå hekka det nemleg ei havørn. Masta måtte venta og ørna fekk hekka seg ferdig. Ørna ser ut til å kunna leva med det nye naboskapet - ho har hekka på same staden også etter at masta kom på plass. Havørna finn reirstadene i furuskogen, men ho er lettast å sjå langs fjorden på jakt etter mat. Furuskogen er også levestad for storfugl – skogen nord for Masfjorden er særleg føretrekt.
Med dei sure bergartane og det skrinne jordsmonnet er ikkje plantelivet spesielt variert i kommunen. Med all nedbøra er det likevel noko vegetasjon som trivst særs godt; mosane. På nordvendte berg og i kløfter veks prakttvebladmose saman med mange andre moseartar og den vesle hinnebregna. Ein annan plante som set pris på det fuktige og næringsfattige jordsmonnet i Masfjorden er blåtopp. Han kan veksa i enorme mengder. Pors er det også mykje av, gjerne saman med andre myrplantar, som klokkelyng og rome.
Kommunen har og ein god del produktiv skog, mest furu og bjørk. Edellauvskog er det lite av, men alm, lind og hassel veks spreidd langsmed fjorden og i den bratte lia langs nordaustsida av Ostavatn. Noko eik er det også, spesielt i sørvende lier og dalsider. Furu- og bjørkeskogen gjer Masfjorden til ein god levestad for måren. Mykje av Masfjordskogen er gammal. På kvilelaus leit etter døyande og daudt trevirke har talrike hakkespettar av fire ulike slag funna ut at Masfjorden er ein god stad å leva.
Elgen er på frammarsj i Hordaland, men innvandringa til Masfjorden vart vanskelegare enn elles. Det fekk den første elgen som tok seg fram hit i 1997 smertelege røynsler om, ettersom den vart skoten i trua på at den var ein hjort. Nettopp hjort er det mykje av i kommunen, så mykje at jaktterrenget i Masfjorden vert rekna blant det beste i fylket.